Ubicado en la primera planta del Museo.

La sección de Historia de la navegación propone un amplio recorrido por la evolución de las embarcaciones a través de casi un centenar de maquetas realizadas con gran detalle. Desde la Antigüedad hasta la actualidad, pueden contemplarse barcos egipcios, fenicios, griegos, romanos o vikingos, seguidos por el desarrollo de la navegación a vela, con ejemplos como la carabela portuguesa, el galeón español, los grandes navíos de aparejo y los rápidos clippers, hasta llegar a los barcos de vapor y, posteriormente, a los de motor.

A lo largo del recorrido se exponen también numerosos objetos e instrumentos relacionados con la navegación: piezas empleadas para la orientación astronómica, como astrolabios, cuadrantes, ballestillas, octantes, sextantes o naviesferas; y otros dispositivos necesarios para el gobierno del buque, como bitácoras, clinómetros, telégrafos de órdenes o pilotos automáticos. La sección se completa con mapas y cartas de navegación, grabados, pinturas y fotografías de buques y escenas marítimas, contraseñas de compañías navieras y retratos de marinos.