Ubicado en la planta baja del Museo.

El área de Biología marina ofrece una introducción al medio marino a través de una amplia muestra de flora y fauna. El recorrido abarca desde los tiempos prehistóricos, representados por numerosos ejemplares fósiles, hasta especies actuales de moluscos y crustáceos.

Destaca especialmente la colección de malacología, con bellos ejemplares que sorprenden por su brillo y colorido, junto a corales, esponjas, estrellas de mar y aves propias de los acantilados. El espacio incluye también un apartado dedicado a la caza de la ballena, en el que se exponen numerosos huesos de la llamada ballena vasca o franca, extinguida en el Cantábrico en el siglo XVII.