La sección de Historia de la navegación ocupa la segunda planta y en ella se hace un recorrido por la evolución de la tipología de los buques, con la exhibición de casi un centenar de maquetas elaboradas con todo detalle. Desde la remota Antigüedad hasta la actualidad, se pueden ver barcos egipcios, fenicios, griegos, romanos, vikingos, que dan paso al desarrollo de la vela con la carabela portuguesa, el galeón español, los espectaculares navíos de gran aparejo y los rápidos clipers, para desembocar en los barcos de vapor y después en los de motor.

Insertados en el recorrido, se exponen multitud de objetos e instrumentos relacionados con la navegación: los utilizados para la orientación astsronómica -astrolabio, cuadrante, ballestilla, cuadrante doble, octante, sextante, naviesfera-; los necesarios para el gobierno del buque -bitácora, clinómetro, telégrafo de órdenes, piloto automático,...; útiles para trabajos a bordo de cabuyería y calafateado,... No podían faltar mapas y cartas de navegación; grabados, cuadros y fotografías de buques o escenas marítimas; contraseñas de compañías navieras; retratos  de marinos                                                                                                                                                                                             

Hay apartados específicos dedicados al Descubrimiento de América, la ruta de las especias, la piratería, el tráfico de esclavos, la emigración a Ultramar, los barcos carboneros,... hasta finalizar con el transporte actual de pasaje, representado por un ferry. Y como representación de la vida a bordo, se reproduce un camarote de capitán de un pequeño vapor de cabotaje.

Temas complementarios

En el corredor que rodea la nave central -el corredor del combés, como dijo José María Martínez Hidalgo- se dedican espacios a la Armada española, a la primera expedición española a la Antártida (goleta Idus de Marzo), al Salvamento y la Seguridad marítima, al Titanic, a la Caza submarina, a la Iconografía de temas marinos (en cerámica, vidrio, plata y marfil), a los Barcos de juguete, tanto de elaboración artesanal como industrial, y a los barcos en botella curiosa especialidad del modelismo de lo que el Museo tiene una notable colección.